Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project est un beat-'em-up à défilement latéral. Le jeu propose des mécaniques de jeu similaires au titre précédent, Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Arcade Game, mais il s'agit d'un titre original pour la NES sans version arcade préalable.

Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project est un beat-'em-up à défilement latéral. Le jeu propose des mécaniques de jeu similaires au titre précédent, Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Arcade Game, mais il s'agit d'un titre original pour la NES sans version arcade préalable.