Nos quatre héros de Super Monkey Ball — Aiai, Meemee, Baby et Gongon — profitaient d'une journée ordinaire quand ils ont vu un engin volant s'écraser sur une île voisine. Ils ont vite découvert que les mystérieux Diseurs de Non ont fait leur apparition, semant la discorde et le malheur partout sur l'île. Et pour couronner le tout, le prince et la princesse des îles voisines ont disparu sur Jungle Island ! Super Monkey Ball Adventure donne une orientation narrative à la folie des billes singes, faisant rouler les joueurs à travers les diverses îles de Monearth pour accomplir des tâches et redonner le sourire aux habitants.

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