Le jeu est la suite de Sonic the Hedgehog 2 sur le même système et fait suite directement à la fin de ce dernier, dans lequel Sonic a vaincu son ennemi le Dr Robotnik. S'écrasant sur une île flottante, Sonic fait la connaissance de Knuckles l'Echidné, un nouveau personnage, et doit une nouvelle fois récupérer les Chaos Emeralds tout en empêchant le Dr Robotnik de relancer son vaisseau, le Death Egg.

Le jeu est la suite de Sonic the Hedgehog 2 sur le même système et fait suite directement à la fin de ce dernier, dans lequel Sonic a vaincu son ennemi le Dr Robotnik. S'écrasant sur une île flottante, Sonic fait la connaissance de Knuckles l'Echidné, un nouveau personnage, et doit une nouvelle fois récupérer les Chaos Emeralds tout en empêchant le Dr Robotnik de relancer son vaisseau, le Death Egg.