Prototype est le premier des deux jeux et permet au joueur d'incarner Alex Mercer dans sa lutte pour stopper l'épidémie virale BLACKLIGHT à Manhattan. Alex est lui-même infecté par le virus, qui lui a conféré des capacités mutantes spéciales qui évolueront avec le temps et l'aideront à enrayer l'infection.

Prototype est le premier des deux jeux et permet au joueur d'incarner Alex Mercer dans sa lutte pour stopper l'épidémie virale BLACKLIGHT à Manhattan. Alex est lui-même infecté par le virus, qui lui a conféré des capacités mutantes spéciales qui évolueront avec le temps et l'aideront à enrayer l'infection.