Metal Slug 6 revient à l'alliance Rebelle-Martiens présente dans Metal Slug 2, X et 3, mais à une échelle bien plus grande. Le joueur s'allie désormais avec les Rebelles et les Martiens pour combattre une menace encore plus grande.\n\nMetal Slug 6 introduit une nouvelle mécanique de jeu appelée "Weapon Stock System". Deux power-ups d'armes peuvent désormais être portés en même temps. Les joueurs peuvent alterner entre les deux armes, ou les ranger toutes les deux au profit de l'arme par défaut.

Metal Slug 6 revient à l'alliance Rebelle-Martiens présente dans Metal Slug 2, X et 3, mais à une échelle bien plus grande. Le joueur s'allie désormais avec les Rebelles et les Martiens pour combattre une menace encore plus grande.\n\nMetal Slug 6 introduit une nouvelle mécanique de jeu appelée "Weapon Stock System". Deux power-ups d'armes peuvent désormais être portés en même temps. Les joueurs peuvent alterner entre les deux armes, ou les ranger toutes les deux au profit de l'arme par défaut.