Un an après les événements de Metal Slug 3, le monde tremble sous la nouvelle menace d'un mystérieux et mortel virus informatique qui menace d'attaquer et de détruire les systèmes militaires de toute nation. Avec Tarma et Eri indisponibles en raison de leurs propres missions, Marco et Fio sont appelés à enquêter et rejoints par deux nouveaux venus, Nadia et Trevor. Dans leur enquête, le groupe découvre qu'une organisation terroriste connue sous le nom d'Amadeus est derrière ce complot et ils partent en guerre contre les forces d'Amadeus pour détruire le virus avant qu'il n'anéantisse les systèmes militaires du monde entier.

Un an après les événements de Metal Slug 3, le monde tremble sous la nouvelle menace d'un mystérieux et mortel virus informatique qui menace d'attaquer et de détruire les systèmes militaires de toute nation. Avec Tarma et Eri indisponibles en raison de leurs propres missions, Marco et Fio sont appelés à enquêter et rejoints par deux nouveaux venus, Nadia et Trevor. Dans leur enquête, le groupe découvre qu'une organisation terroriste connue sous le nom d'Amadeus est derrière ce complot et ils partent en guerre contre les forces d'Amadeus pour détruire le virus avant qu'il n'anéantisse les systèmes militaires du monde entier.