Situé des milliers d'années dans le futur, Intergalactic: The Heretic Prophet place les joueurs dans le rôle de Jordan A. Mun, une dangereuse chasseuse de primes qui se retrouve coincée sur Sempiria — une planète lointaine dont la communication avec l'univers extérieur s'est éteinte il y a des centaines d'années. Jordan devra utiliser toutes ses compétences et son ingéniosité si elle espère être la première personne en plus de 600 ans à quitter son orbite.