En plus des quatre héros originaux de son prédécesseur (Clerc, Nain, Elfe et Guerrier), Shadow over Mystara ajoute un Voleur et un Mage-Utilisateur. Le jeu permet à deux joueurs de sélectionner le même personnage, offrant effectivement 12 "différents" personnages au choix. Les commandes utilisent quatre boutons : Attaque, Saut, Sélection et Utilisation. Shadow over Mystara introduit également des mouvements spéciaux exécutés en combinant la direction du joystick et les boutons, à la manière de la série Street Fighter.

En plus des quatre héros originaux de son prédécesseur (Clerc, Nain, Elfe et Guerrier), Shadow over Mystara ajoute un Voleur et un Mage-Utilisateur. Le jeu permet à deux joueurs de sélectionner le même personnage, offrant effectivement 12 "différents" personnages au choix. Les commandes utilisent quatre boutons : Attaque, Saut, Sélection et Utilisation. Shadow over Mystara introduit également des mouvements spéciaux exécutés en combinant la direction du joystick et les boutons, à la manière de la série Street Fighter.