Jeune agent talentueux rejeté par son gouvernement, Thorton est le seul à détenir les informations nécessaires pour empêcher une catastrophe internationale imminente. Pour y parvenir, il doit se couper des personnes mêmes qu'il a juré de protéger. Selon la façon dont les joueurs choisissent d'accomplir les différents objectifs, les décisions prises et les actions menées dans chaque mission transformeront le type d'agent secret que Michael Thorton deviendra. Chaque choix du joueur en tant que Michael Thorton aura des conséquences sur son avenir et le destin du monde.

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